本センターは、漁港、漁場等の水産土木工事に関する技術的研究並びに施工管理技術者の養成等を行い、漁港、漁場等の整備事業の適正な実施に寄与し、もって水産業の発展に資することを目的として（定款総則第３条）、次の事業を行っています（定款総則第４条）。
　(1)水産土木工事の施工管理技術等に関する調査・研究及び普及
　(2)水産土木施工管理技術者の養成
　(3)漁港、漁場等の整備事業に係る施工管理業務の受託
　(4)その他本センターの目的を達成するために必要な事業
　長崎支所においても、これらの目的達成と円滑な事業展開の一翼を担うべく、東京本部-松江支所-長崎支所のトライアングル体制のもと互いに密接な連携を図りながら、会員の皆様の利便性向上、的確化支援に努め、これからの公共事業に強く求められるより効率的な事業展開の実現に向け日々研鑽に励んでいるところです。
　長崎支所が実施している業務を具体的に列記しますと、下記のとおり多岐にわたります。漁場・漁港・漁村という大きな事業区分はありますが、海のスペシャリスト集団として基本的には「海域を調べる」ことであれば、どのような業務にも対応可能な環境整備を目指しております。しかしながら、海域の実態を正しく把握するには、単に物理・化学・生物学的知見のみならず、フィールドを直感的にイメージできる経験性が必要不可欠です。そのため、長崎支所ではご依頼を受けた業務には、土木、環境、水産、生物の各分野を専門とする経験豊富なスタッフが誠意を持って担当するよう特に配慮しています。また、先駆的な実用技術の開発や情報提供、技術普及活動（各種研修会への講師派遣）などオリジナル事業も積極的に取り組んでいます。今後とも、時代の要求性に合致したタイムリーな情報提供に努めることで、会員の皆様や現場の漁業者の方々とこれまで以上にコミュニケーションを深めることができるものと期待しています。水産業が今おかれている長期低迷状態という窮地を打開するにはどのような施策が必要なのか？皆様と共に考え知恵を絞り、その具体化のために水産土木的側面から少しでも貢献したいというのが我々の願いであり、同時に公益法人としての責務であると考えています。